علم الجينوم، دراسة المادة الوراثية الكاملة داخل مختلف الكائنات الحية، يعد حجر الأساس لنهج الطب الدقيق (الشخصي) من خلال ربط هذا العلم بالصحة والمرض. شهد هذا المجال توسعًا سريعًا جدًا في السنوات الأخيرة، حيث ظهرت العديد من الأدوات والتقنيات، مما جعل الدخول فيه معقدًا وصعبًا.
هنا قائمة بالمواضيع التي توضح المهارات والأدوات الأساسية اللازمة لإتقانه اليوم.
#بيانات_فهد
#تعلم_مجانا
#المعلوماتية_الحيوية
#المعلوماتية_الصحية
#علم_البيانات
هنا قائمة بالمواضيع التي توضح المهارات والأدوات الأساسية اللازمة لإتقانه اليوم.
#بيانات_فهد
#تعلم_مجانا
#المعلوماتية_الحيوية
#المعلوماتية_الصحية
#علم_البيانات
١- فهم الجينوم
يعني دراسة الجينوم بأكمله، وهو مجموع الحمض النووي في كائن حي لفهم التباينات الجينية.
الأدوات الواجب إتقانها:
- منصات تسلسل الجيل التالي (Next-Generation Sequencing - NGS)
- قواعد بيانات الجينوم: Ensembl، NCBI، متصفح الجينوم UCSC
genome.ucsc.edu
برمجيات علم الأحياء الحاسوبية الأساسية: BLAST، Bowtie، BWA
blast.ncbi.nlm.nih.gov
يعني دراسة الجينوم بأكمله، وهو مجموع الحمض النووي في كائن حي لفهم التباينات الجينية.
الأدوات الواجب إتقانها:
- منصات تسلسل الجيل التالي (Next-Generation Sequencing - NGS)
- قواعد بيانات الجينوم: Ensembl، NCBI، متصفح الجينوم UCSC
genome.ucsc.edu
برمجيات علم الأحياء الحاسوبية الأساسية: BLAST، Bowtie، BWA
blast.ncbi.nlm.nih.gov
٢- توليد وإدارة البيانات الجينومية
يمكن أن تصل البيانات الجينومية إلى 10 بيتابايت (يعادل تقريباً 2.5 مليون ساعة من فيديوهات يوتيوب)، مما يتطلب بنية تحتية قوية لتخزين البيانات وتحليلها بكفاءة.
الأدوات الواجب إتقانها:
- برامج إدارة البيانات: LabKey، BaseSpace، Galaxy
usegalaxy.org
حلول تخزين البيانات: Amazon S3، Google Cloud Storage، Microsoft Azure Blob Storage
يمكن أن تصل البيانات الجينومية إلى 10 بيتابايت (يعادل تقريباً 2.5 مليون ساعة من فيديوهات يوتيوب)، مما يتطلب بنية تحتية قوية لتخزين البيانات وتحليلها بكفاءة.
الأدوات الواجب إتقانها:
- برامج إدارة البيانات: LabKey، BaseSpace، Galaxy
usegalaxy.org
حلول تخزين البيانات: Amazon S3، Google Cloud Storage، Microsoft Azure Blob Storage
٣- الحوسبة السحابية المخصصة لتطبيقات الجينوم
توفر تخزين ومعالجة البيانات بمرونة ديناميكية عالية، مما يسمح بتخصيص الموارد بشكل فوري حسب الحاجة لكل مشروع. على سبيل المثال، يمكن طلب موارد إضافية في لحظة الحاجة.
الأدوات الواجب إتقانها:
- منصات الحوسبة السحابية: AWS (خدمات أمازون ويب)، Google Cloud Platform، Microsoft Azure
coursera.org?
أنظمة إدارة سير العمل: Nextflow، Snakemake، Cromwell/WDL
توفر تخزين ومعالجة البيانات بمرونة ديناميكية عالية، مما يسمح بتخصيص الموارد بشكل فوري حسب الحاجة لكل مشروع. على سبيل المثال، يمكن طلب موارد إضافية في لحظة الحاجة.
الأدوات الواجب إتقانها:
- منصات الحوسبة السحابية: AWS (خدمات أمازون ويب)، Google Cloud Platform، Microsoft Azure
coursera.org?
أنظمة إدارة سير العمل: Nextflow، Snakemake، Cromwell/WDL
٤- تحليل البيانات وتفسيرها
الهدف هو تحويل البيانات الجينومية الخام إلى معلومات قابلة للاستخدام.
الأدوات الواجب إتقانها:
- أدوات علم الأحياء الحاسوبية: GATK (أدوات تحليل الجينوم)، SAMtools، Picard
gatk.broadinstitute.org
- برامج تحليل البيانات: R، Python
codecademy.com
أدوات التصور: IGV (عارض الجينوم التكاملي)
igv.org
الهدف هو تحويل البيانات الجينومية الخام إلى معلومات قابلة للاستخدام.
الأدوات الواجب إتقانها:
- أدوات علم الأحياء الحاسوبية: GATK (أدوات تحليل الجينوم)، SAMtools، Picard
gatk.broadinstitute.org
- برامج تحليل البيانات: R، Python
codecademy.com
أدوات التصور: IGV (عارض الجينوم التكاملي)
igv.org
٥- تطبيقات علم الجينوم في تطوير الأدوية
تطوير الأدوية هو تطبيق رئيسي للبيانات الجينومية، مما يساعد على تخصيص العلاجات بناءً على المعلومات الجينية الفردية (علم الصيدلة الجينومية - Pharmacogenomics).
الأدوات الواجب إتقانها:
- برامج التحليل الجيني: PLINK، SnpEff، ANNOVAR
genomicsbootcamp.github.io
- أدوات تطوير الأدوية: MOE، Schrödinger، PyMOL
pymolwiki.org
- قواعد البيانات للتحقق من الأهداف: SIFT، PharmGKB، GWAS Catalog
pharmgkb.org
تطوير الأدوية هو تطبيق رئيسي للبيانات الجينومية، مما يساعد على تخصيص العلاجات بناءً على المعلومات الجينية الفردية (علم الصيدلة الجينومية - Pharmacogenomics).
الأدوات الواجب إتقانها:
- برامج التحليل الجيني: PLINK، SnpEff، ANNOVAR
genomicsbootcamp.github.io
- أدوات تطوير الأدوية: MOE، Schrödinger، PyMOL
pymolwiki.org
- قواعد البيانات للتحقق من الأهداف: SIFT، PharmGKB، GWAS Catalog
pharmgkb.org
٦-الاتجاهات المستقبلية في علم الجينوم
- منصات تحليل الجينوم المتقدمة: Illumina DRAGEN، DNAnexus، Seven Bridges
- التقنيات الناشئة: تعلم الآلة في الجينوم (TensorFlow، scikit-learn)، البلوكشين في الجينوم
intelligenthq.com
- منصات تحليل الجينوم المتقدمة: Illumina DRAGEN، DNAnexus، Seven Bridges
- التقنيات الناشئة: تعلم الآلة في الجينوم (TensorFlow، scikit-learn)، البلوكشين في الجينوم
intelligenthq.com
جاري تحميل الاقتراحات...