رتبها

Ing. Yahya Alalie (م. أبو صالح العليي)

7 تغريدة 159 قراءة Feb 18, 2022

طريقة قرائة ملفات ال BAM على كل المراجع
hg19, hg38 & CP086569.1 ( T2T )
1. ثبت برنامج IGV على جهازك عبر الرابط التالي:
software.broadinstitute.org

software.broadinstitute.org/software/igv/d…

Downloads | Integrative Genomics Viewer

Did you know that there is also an IGV web application that runs only in a web browser, does not use...

2. لإضافة المرجع CP086569.1 ( T2T )
قمل بتزيل الملف "hg38_CP086569.fasta" على جهازك عبر الرابط التالي:
ybrowse.org

ybrowse.org/gbrowse2/gff/C…

3. إفتح برنامج IGV الذي قمت بتثبيته سابقاً, واختار
Genomes > Loed Genome fron file
و ابحث عن المكان الذي قمت بحفط ملف "hg38_CP086569.fasta" فيه
ثم اختار الملف. سيستغرق الامر بعض الوقت
و بهذا تكون اضفت المرجع الجديد للبرنامج

4. قم برفع ملف ال BAM المراد قرائته للبرنامج, ثم اختار المرجع المناسب

5. لمن لديهم نتائج على المرجع الجديد CP086569.1 ( T2T )
بامكانهم رفع ملف البام لل IGV ( رقم 1 في الصورة )
وفتح الملف رقم 2 الذي يحتوي على جميع الطفرات الجديدة