تحدثنا في السلسة السابقة عن طرق الكشف عن ال SNPs المعتمدة على التهجين (hybridization). اليوم سنتحدث عن الطرق المعتمدة على ال PCR في الكشف عن SNPs بشكل مبسط
⬅️تبسيط المفاهيم يساعد في قراءة ورقة علمية قد لاتكون معني بتفاصيل كثيرة عن الطريقة ولكن مهم على الأقل يكون عندك نبذه عنها➡️
⬅️تبسيط المفاهيم يساعد في قراءة ورقة علمية قد لاتكون معني بتفاصيل كثيرة عن الطريقة ولكن مهم على الأقل يكون عندك نبذه عنها➡️
1-The dual-probe TaqMan assay
حساسة للغاية وبالتالي فهي في القائمة المختصرة عندما يكون حجم العينة محدودًا. في التنميط الجيني TaqMan SNP ، تستخدم فيها صبغات (Dyes) توضع على المجسات (probes labeled)تعمل على فحص كلا الآليلات الموجودة في ال SNPs في آن واحد.
تابع الصورة ⏬⏬
حساسة للغاية وبالتالي فهي في القائمة المختصرة عندما يكون حجم العينة محدودًا. في التنميط الجيني TaqMan SNP ، تستخدم فيها صبغات (Dyes) توضع على المجسات (probes labeled)تعمل على فحص كلا الآليلات الموجودة في ال SNPs في آن واحد.
تابع الصورة ⏬⏬
مبدأ عملها⏬⏬
Taking advantage of the 5’ nuclease activity of Taq polymerase
➡️ amplicon production releases the specific reporter dye for the amplified allele➡️ freeing it from the effect of the quenching dye. ➡️➡️enabling fluorescent signal to be emitted 💡💡💥and quantified.
Taking advantage of the 5’ nuclease activity of Taq polymerase
➡️ amplicon production releases the specific reporter dye for the amplified allele➡️ freeing it from the effect of the quenching dye. ➡️➡️enabling fluorescent signal to be emitted 💡💡💥and quantified.
⭕️⭕️ To improve specificity, a minor groove binder at the 3’ ends of probes stabilizes the complementary association between probes that are a perfect match for their DNA targets. ⏬⏬
الصورة في الأسفل تشرح تفاصيل مايحدث👌👌
الصورة في الأسفل تشرح تفاصيل مايحدث👌👌
بما أن تصنيع المجسات
TaqMan SNP genotyping assay probe) يحتاج الى مختصيين ويحتاج الى دقة عالية 🧐
فإن ال Thermo Fisherتحتفظ بمكتبة تحتوي على ما يقارب ١٧ مليون إختبار لل SNPs...وقد تجد انت او الباحث حسب الإحتياج على واحد او أكثر منها لإجراء الأبحاث .... مشكورين على التسهيلات 😉👌
TaqMan SNP genotyping assay probe) يحتاج الى مختصيين ويحتاج الى دقة عالية 🧐
فإن ال Thermo Fisherتحتفظ بمكتبة تحتوي على ما يقارب ١٧ مليون إختبار لل SNPs...وقد تجد انت او الباحث حسب الإحتياج على واحد او أكثر منها لإجراء الأبحاث .... مشكورين على التسهيلات 😉👌
يمكن استخدام مجسات أخرى مثل BHQplus probes وهي من تصنيع شركة
LGC Biosearch Technologies
ميزة هذه المجسات بأنها قصيرة من حيث عدد النيوكليوتيد وكما أنها تستهدف المناطق الغنية ب AT.
LGC Biosearch Technologies
ميزة هذه المجسات بأنها قصيرة من حيث عدد النيوكليوتيد وكما أنها تستهدف المناطق الغنية ب AT.
للتوضيح بالفيديو....👍👍👍👍
باحث ميزانيته محدودة بيستخدم
Melt Analysis of Mismatch Amplification Mutation Assay
(Melt-MAMA)
لايتطلب أنزيمات خاصة أو صبغات مشعة.
الصورة توضح التقنية ولكن اذا رغبتم بشرحها بجهزها في تغريدة لوحدها بالمره القادمة؟!؟!؟ فقط خبروني
Melt Analysis of Mismatch Amplification Mutation Assay
(Melt-MAMA)
لايتطلب أنزيمات خاصة أو صبغات مشعة.
الصورة توضح التقنية ولكن اذا رغبتم بشرحها بجهزها في تغريدة لوحدها بالمره القادمة؟!؟!؟ فقط خبروني
كمان في تقنية بتعتمد على PCR
RNA-DNA hybrid primers, a feature of the rhAMP SNP Genotyping System from Integrated DNA Technologies.
الهدف منها
improve assay precision by requiring a perfect complement to target DNA before allele-specific primer extension can proceed.
RNA-DNA hybrid primers, a feature of the rhAMP SNP Genotyping System from Integrated DNA Technologies.
الهدف منها
improve assay precision by requiring a perfect complement to target DNA before allele-specific primer extension can proceed.
تم تصميم هذه الآلية ، جنبًا إلى جنب مع بوليميريز Taq الجديد ، لتحسين القدرة على التركيب الجيني SNPs المتواجدة في المناطق الصعبة.
تتطلب أنزيم خاص يسمى (RNase H2)
اذا بدكم شرح مفصل بنشرح 👍👍
تتطلب أنزيم خاص يسمى (RNase H2)
اذا بدكم شرح مفصل بنشرح 👍👍
أي شخص عنده إضافات على هذا التغريدات يفيدنا فيها
في المره القادمة نكمل الطريقة الأخيره للكشف عن ال SNPs عن طريق ال Sequencing
ان شاءالله بنجمع كل السلسله مع بعض لتصبح أسهل في قرائتها جميعا
في المره القادمة نكمل الطريقة الأخيره للكشف عن ال SNPs عن طريق ال Sequencing
ان شاءالله بنجمع كل السلسله مع بعض لتصبح أسهل في قرائتها جميعا
جاري تحميل الاقتراحات...