سأتحدث عن التشخيص المخبري ل #فايروس_كورونا #كوفيد_19 في ال #مختبرات_طبية بواسطة تقنية (Polymerase chain reaction (PCR) كأدق تقنية لاكتشاف #COVIDー19 خلال بضعة ايام من دخولها للجسم ( إحصائيا خلال 5.5 ايام ) وذلك باستخلاص الحمض النووي ل #coronavirus
العينات التي يتم اختبارها يتم جمعها من الجهاز التنفسي العلوي والسفلي
Upper and lower respiratory specimens (such as nasopharyngeal or oropharyngeal swabs, sputum, lower respiratory tract aspirates, bronchoalveolar lavage, and nasopharyngeal wash/aspirate or nasal aspirate)
Upper and lower respiratory specimens (such as nasopharyngeal or oropharyngeal swabs, sputum, lower respiratory tract aspirates, bronchoalveolar lavage, and nasopharyngeal wash/aspirate or nasal aspirate)
يتم استخلاص الحمض النووي بواسطة اجهزة تستوعب لاعداد كبيره وكذلك اجهزة اخرى للاعداد الصغيره للحصول على mRNA للفحص المعتمد على RNA حسب الخطوات التالية:
1: Lysis and denaturation 2: Purification of the nucleic acid 3: Washing 4: Elution
1: Lysis and denaturation 2: Purification of the nucleic acid 3: Washing 4: Elution
وبما أن PCR لا يقبل الا DNA فإن mRNAيتم تحويله الى complimentary DNA 'cDNAبواسطةReverse Transcription كالتالي: denaturation لتحول RNA من secondary structure الى linear بعدها Annealingلالصاقالبرايمرات بRNA ثم Extension بواسطة انزيم Reverse transcriptase وتحويله الى cDNA
ولضرورة التاكد من وجود الفيروس فقد تم التعرف على 3 مواقع في سلسلة الفيروس علما بان الفيروسات الاخرى كالتهاب الكبد الوبائي يتم الاعتماد على موقع واحد. وهذا يزيد من دقة الفحص Three different location (N1, N2 , N3) using 9 primers (3 forwards , 3 reverse & 3 probs)
الخطوة الاهم وهي amplification باستخدام3برايمرات وعدة كنترولات كالتالي :Positive controlويعطي نتيجة ايجابية,Negative controlويعطي نتيجة سلبية,No Template control للعشف عن اي تلوث في المحاليل المستخدمة,Internal control (RNase P كنترول لعملية الاستخلاص لتاكيد صحة النتائج السلبية
ويتم تكرار عملية النسخ 40مرة (كل دورة تنتج ضعف السابقة) وفي كل دورة يوجد ثلاث مراحل:مرحلة التفكيك Denature لتكسير الروابط الهيدروجينيه ومرحلة anneal الالتصاق وذلك بخفض درجة الحرارة لتمكين البرايمرات من الالتصاق ومرحلة extend الامتداد برفع درجة الحرارة ليقوم البرايمر بدور البناء.
النتائج يتم تفسيرها حسب الجدول التالي مع مراعاة التاكد من الكنترولات وفي حال وجود اي خطأ في اي كنترول فلا يتم اعتماد النتائج ويتم اعادة التحليل من البداية. وهذا التحليل نوعي وليس كمي ولكن كلما اقترب النتيجة من الدورة 40 تكون الكمية قليلة وعند ظهورها تحت 30 تكون كمية الفيروس عالية
المصادر المعتمدة في هذا الثريد والخاصة بالبرايمرات والنتائج تم اقتباسها من شركتي Roche و ThermoFisher الرائدة في مجال المختبرات الطبية سواء في المجال التشخيصي والبحثي
جاري تحميل الاقتراحات...